С июня 2017 года в GA часть органических переходов из мобильной выдачи Яндекса (yandex / organic) стала учитываться как реферальные (yandex.ru / referral), с июля 2018 к этому добавилась часть переходов из десктопной выдачи.
Чтобы переходы из органических результатов поиска Яндекса в GA считались корректно, нужно добавить следующие фильтры:
campaign source: ^yandex\.(ru|ua|by|kz|uz|com)$